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新藥開發研究，人用藥物及其他藥物

針對一些感染性疾病的藥物，如各種病毒病、細菌病等，在新藥的開發過程中，快速了解藥物對疾病進程的影響可以為新藥開發節約大量的人力、時間和資金，與以前所用的Elisa等方法相比，實時熒光定量PCR技術可以快速、準確、定量、靈敏地測定血液或組織中病原體的含量，因此有利用分析藥物的作用效果，為比較不同的配方的療效、用藥量、用藥時間等等提供快速、定量的評價。

此方法除了用于人用藥物以外，還可以用于畜用藥物，甚至其他經濟動物及植物的藥物研究等，因此其在藥物研究方面的應用范圍是很廣的。

超早期感染用藥物及療法的研究與開發

實時熒光定量PCR方法測定是血液中病毒核酸的含量，因此不必等到病人體內產生抗體，同時，由于其靈敏度與Elisa相比不可同日而語，在病毒感染的早期，即血液中病毒含量很低時就可以測定。因此就出現了一個新的領域，即在病毒或細菌含量很低時如何用藥，用什么藥以及用藥量等進行研究，為將疾病消滅在超早期作出貢獻。

藥物療效研究，人用藥物及其他藥物

對于一些已經上市的新藥或是應用了很長時間的老藥，其用藥的效果以及用藥量及用藥時間都可以進行進一步的研究，為更加合理化的應用這些藥物為人類造福進行進一步的研究。以前所用的方法由于不能準確定量，靈敏度也不夠，因此有很多需要研究的內容沒有完成。這一方面需要研究內容很多，意義也很大。

新的愈后指標的研究

對于感染性疾病，在藥物作用至一定程度后，就認為可以停藥了，但是應該在什么停藥，現在大都沒有一個明確的指標，現在所用的指標由于受到檢測方法的靈敏度及準確性限制，這一指標未必合理，因此有必要對治愈的指標以及指標與復發率以及疾病轉化為其他疾病之間的關系等進行進一步的研究，從而為藥物或療法徹底治愈疾病打下堅實的理論基礎。

新診斷及檢驗試劑的開發

現有的很多診斷及檢驗方法都不能同時滿足快速、靈敏、定量的要求如現有培養法、Elisa法等等，而熒光定量PCR方法以則可以做到這一點，從而可為臨床疾病、商檢、糧油檢驗、食品檢驗、血液檢驗等等開發新的試劑，從而提高檢驗的靈敏度、速度及準確性等；這類試劑的種類是非常多的，所開發的試劑的社會效益及經濟效益都是很巨大的。

血液檢驗漏檢率

由于實時熒光定量PCR方法比Elisa靈敏很多，因此，血站或血液研究所一般用來研究Elisa方法的漏檢率，即分析Elisa方法測定為陰性的血樣，再用實時熒光定量PCR方法來復檢。復檢時，一般24個Elisa陰性的血樣混合成一個樣本進行檢測。上海用此方法在用于血液制品的血液中發現一例HIV，后經測定供血者，證實病人的確是HIV陽性。北京市紅十字血液中心正在測定北京血站中5萬份Elisa陰性血樣的漏檢率。由于不同地區所用的Elisa試劑、方法、批號等都不相同，因此不同地區都有必要進行這一工作。

由于熒光定量PCR方法的快速、靈敏、定量的特點，其在研究及開發方面的應用是不勝枚舉的，如研究個人基因型與藥物療效之間的關系等；研究人員也可以根據自己研究項目開發其新的用途。